北門區之生態環境屬於潟湖生態,蘊含著豐富之魚、蝦、貝類及紅樹林景觀,常見許多鷺鳥、水鳥,彈塗魚和各種螃蟹,具有潟湖觀光生態旅遊之魅力。最讓人注目的是每年10月到翌年4月到此作客的黑腹燕鷗,每到黃昏成群的黑腹燕鷗會在空中群聚飛舞,依照風向變換各種不同隊型,相當壯觀。